Preparati
Bakterije nemaju boju pa je zato uzorak dobijen za analizu potrebno prebojiti reagensom koji stvara kontrast. Na taj način se pod mikroskopom mogu posmatrati bakterije, njihov oblik, broj, veličina, i postavka. Osnovna razlika koja se može detektovati su Gram pozitivne i Gram negativne bakterije. Gramovim testom bojenja vrši se podela na ove dve grupe gde su Gram negativne bakterije nešto otpornije na terapiju antibioticima jer imaju nepropustljivu ćelijsku membranu.
Direktni preparati su mikroskopska metoda kojom se mogu detektovati različiti mikroorganizmi poput bakterija (Mycobacterium tuberculosis, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae), gljivica, epitelnih ćelija, leukocita i sl.
Prednosti preparata su njihova izuzetna brzina i jednostavnost.